昭和26年（1951）、フランシスコ・ザビエルの山口来訪後400年を記念して献堂されましたが、平成3年（1991）9月5日に焼失し、平成10年（1998）4月に再建されました。
新聖堂は神を象徴とした「光」、「水」、「テント」が全体のテーマとなっています。
正面にはステンドグラスと十字架が配されており、そのステンドグラスは「光」や「水」など聖書の中に記された神の言葉をテーマとして作られています。
また、高さ53メートルの2本の塔を配し、屋根が建物全体を覆う三角錐となっている斬新なデザインでテント（幕屋）をイメージして作られています。
さらに、新聖堂の塔につけられた新しい九つの鐘には、それぞれに平和を告げるメッセージが刻まれています。
また、礼拝堂内部にはたくさんのステンドグラスが施され、パイプオルガンも設置されています。
